クリニック開業手続きガイド
新宿区のクリニック開業手続き
このガイドの対象範囲
本ガイドは個人開業・無床診療所・開設届ルートのみを対象としています。 以下は対象外です（該当する場合は行政書士等の専門家・各窓口へご相談ください）。
- 医療法人による開設（開設許可ルート）
- 有床診療所・病院
- 法人化・承継開業・移転開業
新宿区では、まず保健所の相談方法を確認する
施設平面図を用意し、事前に電話で予約して担当窓口へ相談します。
区内は消防署・税務署とも町名や番地で管轄が分かれる地域があります。物件住所を確定してから、各機関の公式管轄表で提出先を照合します。
物件住所が決まったら管轄を照合する
消防署や税務署は、同じ区内でも町名や番地によって窓口が分かれることがあります。下の窓口一覧は区単位の候補を示すものです。提出前には物件の正確な住所を各機関の公式ページで照合してください。
手続きを一枚の工程表にまとめる
保健所への相談、内装・設備、消防、保険指定、税務、雇用・社会保険は別々に進みますが、必要書類は相互に関係します。個別解説で対象条件を確認し、開業ダッシュボードで自分の条件に合う項目だけを管理してください。
新宿区の主な窓口
保健所
新宿区保健所 衛生課 医薬衛生係
〒160-0022 新宿区新宿5-18-21 第2分庁舎3階
電話: 03-5273-3845
事前相談: 施設平面図を用意し、事前に電話で予約して担当窓口へ相談します。
区内は消防署・税務署とも町名や番地で管轄が分かれる地域があります。物件住所を確定してから、各機関の公式管轄表で提出先を照合します。
確認日: 2026/7/19／出典: 新宿区公式 診療所開設手続き
労働基準監督署・ハローワーク
新宿労働基準監督署／ハローワーク新宿
労働保険の成立・労働条件は労働基準監督署、雇用保険の事業所手続きはハローワークが主な窓口です。手続きの種類ごとに事業主向け窓口を確認してください。
確認日: 2026/7/19／出典: 東京労働局 労働基準監督署／ハローワーク管轄一覧
消防署
新宿消防署・牛込消防署・四谷消防署
事前相談: 内装工事や使用開始の届出が必要か、物件所在地を管轄する消防署へ工事前に確認します。
区内で複数署に分かれる場合があります。物件の町名・番地を公式の消防署検索で照合してください。
確認日: 2026/7/19／出典: 東京消防庁 消防署を探す
税務署・都税事務所
四谷税務署・新宿税務署／新宿都税事務所
国税は町名・番地によって管轄が分かれる区があります。個人事業税は都税事務所が所管します。物件の正確な住所と手続きの種類を、国税庁・東京都主税局の公式表で確認してください。
確認日: 2026/7/19／出典: 東京国税局 税務署所在地・案内／東京都主税局 都税事務所一覧
開業までの主な手続き（共通フロー）
- 1. 外来医療計画に係る事前届出厚生局
期限の定め: 開設6か月前まで（令和8年4月1日施行。外来医師過多区域で無床診療所を新規開設し保険指定を受ける場合。23区の区域該当性は要確認）
- 2. 保健所への事前相談保健所
期限の定め: 法定義務ではなく実務運用（内装着工前の相談を推奨）
- 3. 診療所開設届保健所
期限の定め: 開設後10日以内（医療法第8条第1項。個人開設・無床診療所）
- 4. 診療用X線装置備付届保健所
期限の定め: 備付後10日以内（医療法第15条第3項・医療法施行規則第24条の2）
- 5. 保険医療機関指定申請厚生局
期限の定め: 指定日は原則毎月1日。申請締切は厚生局が月ごとに公表（診療所開設届の副本が必要）
- 6. 保険医登録厚生局
期限の定め: 期限の定めなし（保険医療機関指定申請までに登録が必要。未登録の場合のみ）
- 7. 施設基準の届出厚生局
期限の定め: 算定開始月の届出締切（月初開庁日）まで。締切は厚生局が月ごとに公表
- 8. 生活保護法指定医療機関の指定申請その他の窓口
期限の定め: 任意の指定申請（保険医療機関の指定が前提。同時申請・単独申請で手順が異なる）
- 9. 労災保険指定医療機関の指定申請労働基準監督署・ハローワーク等
期限の定め: 任意の指定申請（保険医療機関の指定が前提）
- 10. 麻薬施用者免許の申請その他の窓口
期限の定め: 麻薬及び向精神薬取締法に基づく施用者免許（施用開始前に取得。東京都薬務課）
- 11. 結核指定医療機関の指定申請その他の窓口
期限の定め: 任意の指定申請（感染症法。保険医療機関の指定が前提）
- 12. 難病指定医療機関の指定申請その他の窓口
期限の定め: 任意の指定申請（難病法。保険医療機関の指定が前提）
- 13. 防火対象物工事等計画届出書消防署
期限の定め: 内装工事等の着手7日前まで（火災予防条例。着工日基準）
- 14. 防火対象物使用開始届出書消防署
期限の定め: 使用開始7日前まで（火災予防条例）
- 15. 防火管理者選任届・消防計画の届出消防署
期限の定め: 防火管理者を定めたときは、遅滞なくその旨を所轄消防長又は消防署長に届出（消防法第8条第2項）。建物全体の収容人員30人以上が対象
- 16. 個人事業の開業届出書（税務署）税務署
期限の定め: 開業した年分の所得税の確定申告期限まで（2026年1月1日以後の開業。旧「1か月以内」は適用しない。実務は開業後すみやかな提出を推奨）
- 17. 所得税の青色申告承認申請書税務署
期限の定め: その年3月15日まで（1月16日以後に開業した場合は開業日から2か月以内）。任意の申請
- 18. 源泉所得税の納期の特例の承認申請書税務署
期限の定め: 随時申請（承認は申請の翌月支給分から適用。給与の支給人員が常時10人未満）。任意
- 19. 事業開始等申告書（都税事務所）税務署
期限の定め: 事業開始の日から15日以内（東京都都税条例第26条）
- 20. 労働保険 保険関係成立届労働基準監督署・ハローワーク等
期限の定め: 保険関係成立（雇用日）の翌日から10日以内。概算保険料の申告・納付は50日以内
- 21. 雇用保険適用事業所設置届労働基準監督署・ハローワーク等
期限の定め: 設置の日の翌日から起算して10日以内（被保険者資格取得届は雇用した月の翌月10日まで）
- 22. 健康保険・厚生年金保険 新規適用届その他の窓口
期限の定め: 適用事業所に該当した事実発生から5日以内（個人診療所で常時5人以上）
- 23. 健康保険被保険者適用除外承認申請（医師国保継続）その他の窓口
期限の定め: 適用除外に該当する事実の発生から14日以内
- 24. 36協定（時間外・休日労働に関する協定届）労働基準監督署・ハローワーク等
期限の定め: 時間外・休日労働をさせる前までに締結・届出（労働基準法第36条）
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※ 本ガイドは開業準備の参考情報であり、法的助言の代替ではありません。 手続きの要否・期限・提出先は個別の状況により異なります。 最終的には必ず所管の保健所・厚生局・消防署・税務署等の官公庁へ直接ご確認ください。
※ 「未確認」「目安」と表示された情報は公式資料での裏付けが完了していないか、 概算値です。正式な期限・締切として扱わないでください。